Recibimos de Fundéu las importantes advertencias que les transmitimos, luego de adaptarlas a nuestras necesidades.

Puesto que el sustantivo miles es masculino, al igual que otros numerales como centenar o millón, lo apropiado es que los determinantes que los acompañan tengan también género masculino, no femenino.

Veámoslo con unos ejemplos:

Uso inadecuado:
Las miles de derrotas que sufrimos no nos quitaron las ganas de competir.
Uso adecuado:
Los miles de derrotas que sufrimos no nos quitaron las ganas de competir.
Uso inadecuado:
Hay quien asegura que en las millones de estrellas del universo hay más de un sistema planetario habitado.
Uso adecuado:
Hay quien asegura que en los millones de estrellas del universo hay más de un sistema planetario habitado.

No debemos olvidar que en estructuras en las que el sustantivo determinado por alguno de estos numerales es femenino y va acompañado de un adjetivo, tal como afirma la Real Academia en su Twitter, este podría concordar en masculino si modifica al numeral o en femenino si califica al sustantivo.

Veámoslo con uno ejemplo:

Uso adecuado:
Científicos estudian el ADN de los cientos de especies extintos en este siglo.
Uso adecuado:
Científicos estudian el ADN de los cientos de especies extintas en este siglo.