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De acuerdo con el Diccionario panhispánico de dudas, en las construcciones hacer presente y tener presente, el adjetivo presente no se mantiene invariable y lo adecuado es establecer la concordancia en número con el sustantivo al que se refiere, es decir, con el complemento directo de hacer y tener.

Veámoslo con unos ejemplos:

Uso inadecuado:
El entrenador no tuvo presente las extraordinarias cualidades de la dupla ofensiva del equipo contrario.
Uso adecuado:
El entrenador no tuvo presentes las extraordinarias cualidades de la dupla ofensiva del equipo contrario.

Uso inadecuado:
Lo dijo en una reunión organizada para hacer presente las dificultades a las que se enfrentan.
Uso adecuado:
Lo dijo en una reunión organizada para hacer presentes las dificultades a las que se enfrentan.